Paratuberculose : génomique en élevage laitier

Génomique et Paratuberculose : en laitier, ça marche !

Une intuition née de 25 ans de terrain

Voilà 25 ans que les GDS (Groupements de Défense Sanitaire) gèrent la Paratuberculose en élevage.

Au fil du temps, une intuition s’est peu à peu imposée. Et si une composante génétique intervenait dans la capacité d’un individu à résister ou non à l’infection par la mycobactérie de la Paratuberculose (MAP) ?

PARADIGM : l’hypothèse validée

Entre 2014 et 2019, les GDS du Grand Ouest, au sein d’un consortium regroupant ONIRIS, INRAe, ALLICE et APIS-GENE, ont donc exploré cette piste.

Le projet PARADIGM était né et visait à collecter et à génotyper des milliers de bovins laitiers de race Prim’Holstein et Normande.

Cette étude est venue valider l’hypothèse de départ. L’étude des génomes a permis de mettre en évidence une influence génétique dans la sensibilité ou la résistance à l’infection, avec une différence marquée dans le patrimoine génétique entre les animaux infectés et les autres.

Suite à ces travaux, un indicateur génomique est calculé. Il caractérise les individus, dès leur naissance, en fonction de leur sensibilité ou leur résistance à l’infection.

Cet indicateur est désormais disponible depuis 2022 en race Prim’Holstein et depuis 2024 en race Normande.

Quatre statuts sont définis :

• Très Sensible (TS)
• Sensible (SS)
• Standard (SD)
• Résistant (RT)

Identifier les bovins à risque

Cette caractérisation est intéressante car elle permet d’identifier les bovins à risque.

Les animaux Très Sensibles sont ceux qui réagissent majoritairement en sérologie. Un animal TS a 22 fois plus de risque de devenir séropositif au cours de sa vie qu’un bovin RT.

Il peut réagir précocement, dès 2 ans, voire avant, et devenir fortement excréteur de bactéries dans l’environnement.

Dans un contexte de Paratuberculose dans l’élevage, il est recommandé de ne pas conserver ces femelles Très Sensibles, voire Sensibles, afin d’éviter d’élever des animaux qui deviendront rapidement contagieux, pérennisant ainsi l’infection dans le troupeau.

Dans le cadre d’un assainissement, ces animaux sont davantage surveillés et contrôlés pour une élimination rapide en cas d’infection détectée.

Des effets déjà visibles

L’héritabilité pour ce caractère de santé est jugée satisfaisante et, déjà, les premiers effets sur les nouvelles générations se font sentir.

Les entreprises de sélection qui ont rapidement éliminé les taureaux sensibles de leur catalogue apportent du progrès génétique avec des animaux sélectionnés RPTB (Résistant paratuberculose).

Et ça marche…

Deux ans après la commercialisation de l’indicateur chez les Prim’Holstein, on constate une baisse des naissances des veaux TS et SS.

Gageons que cette amélioration génétique va continuer à progresser et « éradiquer » les souches à risque, au profit des bovins Résistants.

Un bénéfice inattendu sur les autres caractères

Autre bonne nouvelle. La sélection des bovins sur la base de la résistance à l’infection par la Paratuberculose semble avoir des effets bénéfiques sur les autres caractères de production recherchés par les éleveurs.

Parmi ces caractères figurent notamment :

• les cellules ;
• la production laitière ;
• les taux ;
• le taux de conception.

Cette corrélation génétique est une excellente surprise et permettrait aux éleveurs de « faire une pierre, deux coups ».

Notre intuition était donc bonne. À présent, on peut légitimement envisager, grâce à la génomique, une amélioration rapide sur le front de la Paratuberculose en élevages laitiers.

Et maintenant, les races allaitantes

L’intuition de départ était donc la bonne, et la génomique ouvre désormais une perspective concrète d’amélioration rapide face à la Paratuberculose en élevage laitier.

Reste une question logique :

Pourquoi cette influence génétique ne concernerait-elle que les races laitières ?

C’est tout l’enjeu du nouveau projet PRISSME, qui applique la même démarche aux races allaitantes — et dont la première campagne de collecte est déjà lancée.